Il existe une légende urbaine selon laquelle il y aurait un shinigami qui peut libérer les gens de la souffrance qu'ils peuvent ressentir. Cet "Ange de la Mort" a un nom : Boogiepop. Et les légendes sont vraies. Boogiepop est réel. Quand une vague de disparitions impliquant des étudiantes éclate à l'académie de Shinyo, la police et l'établissement supposent qu'il s'agit juste d'une série de fugue. Mais Nagi Kirima, un étudiant de l'académie, le sait. Quelque chose de mystérieux et de mauvais est en train de se produire. Est-ce Boogiepop, ou quelque chose de plus sinistre ...?

Nous suivons l'histoire de quelques lycéens qui sont en classe de terminale. L'hiver est arrivé et avec lui, une nouvelle page de la vie de ces élèves va s'écrire avec l'obtention de leur diplôme qui les mènera vers de nouveaux horizons. Alors qu'ils pensaient finir leur scolarité dans le calme, le retour d'un ancien ami va tout chambouler. Il avait déménagé lors du collège et son retour va faire remonter à la surface certains sentiments venus du passé...

Dans un lointain futur, le Terre est en ruines et l’humanité s’est retranchée dans une ville fortifiée mobile, Plantation. Un quartier, Mistilteinn, est dédié à la formation de jeunes pilotes qui ne connaissent rien du monde extérieur. Leur seul but dans la vie est d’apprendre à piloter des robots, les Franxx, afin d’affronter un mystérieux ennemi géant mais invisible. Parmi eux, Hiro (Code 016) était un enfant particulièrement doué, promis à devenir un grand pilote, mais qui a eu le malheur d'échouer ! Mis au rebut, son inaptitude à piloter le condamne à l'oubli. Un jour débarque une jeune fille appelée Zero Two dont le visage est orné de deux cornes. Elle le désigne d’office comme son nouvel équipier…

Lorsqu'il était au collège, Minato Narumiya faisait du tir à l'arc (kyûdô, en japonais), mais un incident l'a poussé à arrêter définitivement cette activité. Arrivé au lycée, ses amis d'enfance tentent de le convaincre de rejoindre leur club, mais c'est une rencontre avec un mystérieux archer qui le décidera à revenir. Il intègre alors le club du lycée qui ambitionne de remporter le tournoi préfectoral...